قد ترتبط بعض أنواع بكتيريا الأمعاء بالكوليسترول، ومن ثم حدوث أمراض القلب، فعندما يأكل الشخص أطعمة مثل اللحوم الحمراء أو البيض، فإن تلك البكتيريا تصنع مادة كيميائية يحولها الكبد إلى شيء يسمى TMAO (ثلاثي ميثيل أمين- N- أكسيد)، والذي يمكن أن يساعد على تراكم الكوليسترول في الأوعية الدموية.
قد تؤدي زيادة ما يسمى TMAO أيضًا إلى الإصابة بأمراض الكلى المزمنة، كذلك فإن الأشخاص المصابون بالمرض لا يتخلصون من TMAO كما ينبغي.
يرسل العقل رسائل في جميع أنحاء الجسم، ويعتقد الباحثون أن الأمعاء قد ترد عليه، حيث تشير الدراسات إلى أن توازن البكتيريا في ميكروبيوم الأمعاء قد يؤثر على العواطف والطريقة التي يعالج بها المخ المعلومات سواء كانت من المشاهد أو الأصوات أو النكهات أو الأحجام.
يعتقد العلماء أن التغيرات في هذا التوازن قد تلعب دورًا في حالات مثل اضطراب طيف التوحد والقلق والاكتئاب، فضلاً عن الألم المزمن.